После октябрьских событий 1917 года, ввиду опасения за судьбу страны и науки в ней Совет Института 24 ноября поддержал обращение Петербургской АН с протестами "против захвата власти одной политической партией и стремления ее к сепаратному миру с Германией в нарушение ранее принятых международных обязательств". Часть сотрудников ИЭМа сразу же стали сотрудничать с советской властью, так как считали, что никакие политические перемены в стране не должны отражаться на выполнении врачами своих обязанностей. В этот период вместо должности директора, которую, вероятно, просто боялись занимать в условиях возникшей диктатуры, на некоторое время возникла должность вице-президента. Обязанности вице-президента исполняли В.Л.Омелянский до 3.11.1917 г. и В.А.Краюшкин до 1.01.1918 г, а также Е.А.Ганике, В.С.Дзержговский, В.Г.Ушаков.